Kota Cirebon terletak pada 108 º 34 T dan 6 º 43 S pada pantai Utara Pulau Jawa, bahagian timur Jawa Barat, memanjang dari barat ke timur ± 11 km dengan ketinggian dari paras laut ± 5 m (termasuk dataran rendah). Kota Cirebon dapat ditempuh melalui jalan darat sejauh 130 km dari arah Kota Bandung dan 258 km dari arah Kota Jakarta.

Kota Cirebon terletak pada lokasi yang strategik dan menjadi simpul pergerakan pengangkutan antara Jawa Barat dan Jawa Tengah. Letaknya yang berada di kawasan pantai menjadikan Kota Cirebon memiliki wilayah dataran yang lebih luas berbanding dengan wilayah perbukitannya. Luas Kota Cirebon adalah 3.754 km2 dengan dominasi penggunaan lahan untuk perumahan (32%) dan tanah pertanian (38%)

Wilayah Kotamadya Cirebon dibatasi oleh:

• Sebelah Utara: Sungai Kedung Pane
• Sebelah Barat: S. Banjir Rangkaian / Kabupaten Cirebon
• Sebelah Selatan: Sungai Kalijaga
• Sebelah Timur: Laut Jawa

Sebahagian besar wilayah ini merupakan dataran rendah dengan ketinggian antara 0-2000 dpl, sementara cerun lereng antara 0-40% di mana 0-3% merupakan daerah berkarateristik bandar, 3-25% daerah penghantaran dan 25-40% merupakan pinggiran.

Bandar ini dilalui oleh beberapa sungai di antaranya Sungai Kedung Pane, Sungai Sukalila, Sungai Kesunean, dan Sungai Kalijaga.

Iklim

Kota Cirebon termasuk dalam iklim tropika dengan suhu udara rata-rata 28 ° C. Kelembaban udara berkisar antara ± 48-93% dengan kelembapan udara tertinggi terjadi pada bulan Januari-Mac dan nombor terendah terjadi pada bulan Jun-Ogos.

Rata-rata curah hujan tahunan di kota Cirebon ± 2260 mm / tahun dengan jumlah hari hujan ± 155 hari. Berdasarkan klasifikasi iklim Schmidt-Ferguson, iklim di bandar Cirebon termasuk dalam jenis iklim C dengan nilai Q ± 37,5% (peratusan antara bulan kering dan bulan basah). Musin hujan jatuh pada bulan Oktober-April, dan musim kemarau jatuh pada bulan Jun-September.